玻璃钢冷却塔在长期使用过程中，可能会出现锈迹。这通常是由于玻璃钢材质的表面被划伤，导致内部的树脂层暴露在空气中，进而发生氧化反应形成的。针对锈迹的处理，可以采取以下方法：
1. 打磨清洁：首先使用钢丝球或者砂纸轻轻打磨锈迹部位，去除表面的氧化层和锈迹。打磨时需注意力度，避免过度打磨损伤冷却塔的表面。
2. 清洗：用清水将打磨过的区域冲洗干净，去除打磨产生的粉尘和残留物。
3. 除锈剂：对于较为顽固的锈迹，可以使用专门的除锈剂进行处理。将除锈剂涂抹在锈迹处，静置一段时间后再进行清洗。
4. 防护处理：对于处理过的锈迹区域，可以使用防护涂料或树脂进行涂抹，防止锈迹再次发生。
5. 重新涂装：如果锈迹较为严重，可以选择重新涂装冷却塔，以恢复其美观和保护功能。

需要注意的是，在处理过程中应遵守安全操作规程，保护自身和环境的安全。同时，定期对冷却塔进行维护和检查，及时发现和处理问题，可以有效延长冷却塔的使用寿命。